После событий первого фильма Роуз Дасилва и её приёмная дочь Шэрон остались в туманной реальности. Роуз смогла передать Шэрон своему мужу Кристоферу с помощью печати Метатрона, а сама остаётся в туманном мире. У Шэрон не осталось воспоминаний о поездке в Сайлент Хилл, и Кристофер сказал ей, будто бы Роуз погибла в автокатастрофе.

Действие второго фильма начинается годы спустя. Кристофер и Шэрон живут под именами Гарри и Хизер Мейсон соответственно. Им приходится регулярно менять место жительства, чтобы спрятаться от секты. Меж тем самой Хизер в кошмарах снится Сайлент Хилл и её демоническая вторая половина — Алесса. По пути в очередную новую школу с Хизер пытается переговорить Дуглас Картланд, частный детектив, нанятый сектой, но она убегает от него. В классе она знакомится с новичком Винсентом. После уроков Хизер замечает наблюдающего за ней Дугласа, о чём сообщает по телефону отцу, договариваясь встретиться с ним в торговом центре. Сразу же после телефонного разговора Гарри похищают. В торговом центре, где Хизер ждала Гарри, происходит переход в кошмарный потусторонний мир с монстрами, где один из них — Миссионер — убивает Дугласа, когда он пытается предупредить Хизер об опасности. После возвращения в основную реальность, Хизер выбегает из торгового центра в тот момент, когда полиция вывозит труп Дугласа.

Хизер в сопровождении Винсента возвращается домой, где находит нарисованный на стене оккультный символ и написанное на стене сообщение: «Отправляйся в Сайлент Хилл». Взяв первую половину печати Метатрона, Хизер с Винсентом едут в туманный город. По пути Хизер читает дневник Гарри Мейсона, и узнаёт, что она является инкарнацией Алессы Гиллеспи. По дороге они делают остановку в мотеле, где Винсент говорит ей, что он сын Клаудии Вульф, верховной жрицы Ордена Валтиэля — секты, когда-то правившей Сайлент Хиллом. Но теперь, когда Алесса вернулась, они вынуждены прятаться от неё в подземельях. А Хизер — единственный шанс уничтожить демона и освободить секту. Винсента послали, чтобы он привёл Хизер в город, но он сомневается в своих действиях, так как она является светлой стороной Алессы. Винсент сообщает, что помочь Хизер может его дедушка — Леонард Вульф, который находится в психиатрической больнице. В этот момент происходит переход в потусторонний мир, Винсента похищает монстр, а Хизер теряет сознание.

Придя в себя, Хизер отправляется в Сайлент Хилл. На месте Хизер встречает Далию Гиллеспи, мать Алессы. Она объясняет, что тёмная сторона Алессы контролирует город. Хизер укрывается в одном из зданий и понимает, что она попала в ловушку некоего существа. Она помогает девушке по имени Сьюки выпутаться из целлофановой паутины, однако, Манекен-паук все равно забирает её. Тем временем Клаудия объявляет Винсента предателем и приказывает отправить его на «лечение» в психиатрическую больницу, кишащую монстрами. Хизер также направляется в лечебницу, где подвергается нападению монстра Лоботомии и убивает его. Она находит палату Леонарда. Однако, он слеп и не совсем вменяем. Мужчина говорит ей, что его упекла в больницу родная дочь, которая, по его словам, «ещё хуже». Хизер протягивает ему печать в надежде, что он поможет ей. Он говорит, что это ключ, который открывает истинную природу вещей и протыкает себе печатью живот. Две половинки воссоединяются и он превращается в монстра. Хизер удается убить его, но она сталкивается с новой проблемой — пациентами, которые пытаются задушить девушку сквозь прутья камер. Неожиданно появляется Пирамидоголовый] и рубит им руки. Хизер он не трогает. Она находит Винсента, который находится в комнате, наполненной медсестрами реагирующими на любой звук и движение и помогает ему освободиться.

Хизер и Винсент направляются в парк Лейк-Сайд в поисках Гарри. Там их встречает Братство — самые верные слуги ордена. Винсент отвлекает сектантов, и Хизер пробирается в парк развлечений, где встречает Воспоминание Алессы и воссоединяется с ней. Найдя похитивших Гарри сектантов, Хизер узнаёт, что ей приготовлена участь быть временным пристанищем для новорожденного бога, в которого свято верят члены Ордена. Клаудия требует у девушки печать. Хизер протягивает её ей со словами: «Хочу увидеть твою истинную суть». Прикоснувшись к амулету, Клаудия превращается в монстра Миссионера, который убил Дугласа. Она пытается напасть на Хизер, но Пирамидоголовый вовремя успевает вмешаться. Начинается битва, из которой последний выходит победителем, отрубив Клаудии голову. На окраине Сайлент Хилла Винсент замечает, что пепел с неба перестал сыпаться. Винсент и Хизер покидают туманный Сайлент Хилл, а Гарри решает остаться, чтобы отыскать Роуз.

Идя прочь от Сайлент Хилла, Винсент и Хизер останавливают грузовик с водителем Трэвисом, который говорит, что давно не был в этих краях. При знакомстве с ним Хизер представляется своим настоящим именем — Шэрон. Они просят увезти их подальше от Сайлент Хилла. Навстречу им едут несколько полицейских машин и автобус государственной тюрьмы округа Райалл, въезжая в Сайлент Хилл. Камера медленно поворачивается вокруг придорожного щита, пока не переносится обратно в «туманный мир», где на обратной стороне щита виднеется надпись: «Добро пожаловать в Сайлент Хилл».