Действие игры происходит в Венесуэле. Вас нанимает Рамон Солано, венесуэльский миллиардер, чтобы отыскать генерала Кармону, который находится в плену в старой колониальной крепости на острове у побережья после неудачной попытки государственного переворота. Игрок, используя оружие и авиаудары, штурмует крепость и спасает Кармону. Но сразу после выполнения задания Солано пытается убить наёмника, чтобы не платить за работу, и убедиться, что никто не вмешается в его планы. Наёмнику удается скрыться, несмотря на полученное напоследок ранение в ягодичную мышцу. Главный герой начинает разрабатывать план мести.

После второго успешного государственного переворота, Солано выбран как «гражданский лидер военного правительства». Солано делает попытки захватить контроль над нефтью страны, которая добывается компанией под названием Universal Petroleum (UP). Ожесточенные бои идут между наемниками UP и венесуэльской армией (VZ). После получения контроля над виллой Солано, игрок создает свою частную военную компанию (PMC) и помогает другим группировкам в обмен на деньги и информацию о Солано. Это включает в себя захват форпостов, уничтожение ключевых персон VZ, уничтожение ключевых структур, и другая работа, которая силам других фракций не по плечу.

Наемник получает контракт от главы UP, доктора Лоррейн Рубин, чтобы спасти высокопоставленного члена UP, которого солдаты VZ держат где-то в городе Маракайбо. В конце концов, наемник находит его в бронированном фургоне на одной из главных улиц в городе.

Его следующий контракт включает в себя защиту финансового директора UP, в настоящее время управляющего нефтеперерабатывающим заводом. Завод должен был быть эвакуирован из-за «национализации» устроенной Солано, целью которой было установление контроля над добычей нефти. Финансовый директор остался там для того, чтобы уничтожить секретные документы. Наемник защищает финансового директора, пока тот уничтожает документы, но прежде чем они успели скрыться завод был захвачен VZ. Во время разговора в машине на обратном пути в Маракайбо, финансовый директор, говорит что UP не обманывает страну позволяя ей добывать нефть практически бесплатно, а что они на самом деле обманули страну в оплате за права на добычу нефти.

После их возвращения, Рубин дает наемнику время встречи Солано и Бланко, но не знает место её проведения. Примерно в это же время, игрок может начать сотрудничество с фракцией ямайских контрабандистов, занимающихся пиратством и действующих на островах в северной части озера Маракайбо. Участие в сюжетной линии Пиратов не изменяет геймплей и Пираты предлагают только небольшие контракты за выполнение которых награждают деньгами. Нет основных контрактов поставляемых лидером Пиратов, что делает их полезными только для их превосходство Северной части озера Маракайбо.

Наемник встречается с PLAV (Народно-Освободительной Армии Венесуэлы), группа партизан намерена вернуть страну назад к гражданскому Правлению. Фракция опирается на Китай, который рассчитывают на получение права на нефть. Лидер, Марселла Акоста, предлагает наемнику некоторые контракты в обмен на информацию, в том числе взятие города Мерида с венесуэльской армии. После нескольких контрактов, Марселла легко рассказывает наемнику, что она знает о месте встречи Солано и Бланко и предлагает окончательного контракт уничтожить нефтяную платформу на которой будет встреча и проверить Бланко.

После проверки Бланко и разрушения уничтожения нефтяной платформы, игрок узнает, что Солано скрывается в бункере в Angel Falls и пытается уничтожить его, чего у него не получается. Вскоре после этого, игрок вынужден защищать свою собственную штаб-квартиру от Кармона и VZ войск. После отражении атаки и проверки Кармона, выясняется, что тонущая нефтяная платформа вызвала международный резонанс. И как ожидает Кармон, большие силы во главе с войсками Союза Наций (имитация в игре ООН) и Народной Республики Китай вторгнутся в страну. Якобы по поддержанию мира и национального восстановления силы для разоренных войной странах (как видно в Северной Корее), но игрок считает, что в центре операции агента ЦРУ имени Джойс, которой было приказано обеспечить поставки нефти, когда стало ясно, что их союзники, Universal Petroleum, не смог этого сделать. Китайская армия вторглась, когда стало ясно, что PLAV только хотел остановить Бланко и Кармона по личным причинам, а не свержение нового правительства. Обе фракции бьются за контроль над Каракасом, столицей Венесуэлы, и поставку нефти.

Игрок возвращается к бункеру Солано, с целью во второй раз попробовать разрушить его. После прорыва через охрану, игрок использует бетонобойную ядерную бомбу, чтобы взорвать бункер. Солано почти сбежал из разрушенного бункера в вертолете, но наемник успевает захватить убив пилота. Наемник целится в Солано, который просит оставить его в живых. Далее в зависимости от действий игрока: наемник стреляет в Солано и убивает его.

В «Mercenaries 2» есть три игровых персонажа: Дженнифер Муи, Кристофер , Маттиас Нильсон, только один из выбранных персонажей будет послан в район боевых действий в начале игры.

Маттиас Нильсен - самый выносливый наемник(здоровье восстанавливается быстрее). Изначально служил в ВМС Швеции артиллеристом, позже присоединился к Лапландскому полку рейнджеров, широко известному как Арктические рейнджеры. Вскоре после этого он присоединился к банде байкеров, известных как Wolfpack Brotherhood MC. Впоследствии был схвачен шведскими властями, и при транспортировке в тюрьму сбежал, после чего, покинув страну, стал наемником. Умеет говорить на русском языке.

Крис Джейкобс — самый сильный наёмник(может переносить больше боеприпасов). Служил в Delta Force США. Дослужился до командира части. Провел множество опасных операций в Ираке, Афганистане и Дарфуре. Во время одной из совместных операций с британскими SAS, стал свидетелем того, как высшие чины саботировали миссию из личной выгоды, что повлекло потери среди личного состава. После этих событий ушёл из войск и стал наёмником.

Дженифер Муи — самая быстрая наёмница (бегает быстрее всех). Муи родилась в Гонконге, Китай, в семье британского культурного атташе и китайского дипломата. Её родители развелись, когда ей было двенадцать лет. Муи переехала в Великобританию со своей матерью, а её отец остался в Гонконге. После окончания университета, вступила в ряды вооруженных сил Её Величества, в десантные войска. Затем перевелась в SAS. Именно в это время, ею заинтересовались МИ-6. Хотя Дженнифер наслаждалась своей работой, она была недовольна своими доходами. Оставила МИ-6 и стала наемником, где её опыт шпионажа предоставил ей высокий спрос.

Иван Дэвлин — пилот вертолёта из Ирландии. Был наемным пилотом в Ираке и Дарфуре, позже согласился работать на Universal Petroleum. Во время совместной операции с игроком понимает, что здесь подобные " прогулки на свежем воздухе " у него будут редко, поэтому соглашается присоединиться к вашей группе. Далее даёт информацию о лучшем механике Венесуэлы — Еве Наваро. Иван спокоен, но может выглядеть ленивым время от времени. Имеет личные вертолёты: Транспорт кастро (вертолёт для перевозки предметов), Нефритовый ветер (доставка транспорта игроку), Счастливая Лэди (боевой вертолёт, с перевозимостью 7 человек). Поселяется на верхнем этаже виллы Солано.

Ева Наваро — военный механик Вэнесуэлы. Имела крупный автосервис, пока Солано не закрыл его. Игрок узнает о ней после разговора с Иваном. Когда персонаж приходит к ней в дом, она соглашается присоединиться к вашей группе, после того, как вы проведёте тест-драйв пикапа с гидравлической подвеской. Ева отличный механик и инженер, что позволяет делать заказы на машины и установку деталей которые можно найти в игре (всего 100). Рассказывает о пилоте истребителя Мише Миланиче. Поселяется в гараже виллы Солано.

Миша Миланич — русский пилот. О нём герою рассказывает Ева в одной из своих реплик. Выслушав Еву, наемник отправляется на один из островов пиратов и находит его в стельку пьяным. Пилот работал в Венесуэльской армии, пока не сбросил бомбу в неправильном месте. Миша заключил сделку с наемником: он ему помогает избавится от его лейтенанта, а он будет работать на них. Когда он все сделает, Миша переедет на виллу и будет жить рядом с Иваном Девлином. С Мишей можно заключать пари. Имеет МиГ-27.